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一键分析10X单细胞数据

2025-07-23 09:10:32
一键分析10X单细胞数据 今天我们来介绍一种更为简单的方法:一键处理 10X 下机数据。流程简介流程地址: > 流程 > scRA-seq_preprocessing_10X_v_Bundle (release v0.1)本流程使用 RA STARSolo 分析 10X 基因组学的 v 化学版本数据。从Fastq文件得到与 CellRanger 类似的个输出文件:barcod

一键分析10X单细胞数据

今天我们来介绍一种更为简单的方法:一键处理 10X 下机数据。

流程简介

流程地址: > 流程 > scRA-seq_preprocessing_10X_v_Bundle (release v0.1)

本流程使用 RA STARSolo 分析 10X 基因组学的 v 化学版本数据。从Fastq文件得到与 CellRanger 类似的个输出文件:, 以及 。

流程预览

点击小眼睛图标,即可预览流程。可以看到,该流程主要调用 RA STARSolo 进行数据处理,最后将 log文件和 gene counts 文件交给 MultiQC 进行汇总。

运行流程

运行流程非常简单,这也是一键分析的含义。只需要设置:

  • • 参考基因组(可以是服务器内置的,也可以是自己上传的)
  • • GTF文件(可以自行上传,或使用平台提供的)
  • • Barcode文件(来自于10X下机数据)
  • • cDA文件(来自于10X下机数据)
  • • Barcode白名单(来自于10X,v版本的是:)
  • • Barcode长度是否与Read长度相等(通常情况下,Read中不含 poly-T 时,设置为“是”,否则设置为“否”)
  • • 预期数据数(一个整数,表示预期样本中有多少个细胞)

设置完毕,点击“运行流程”就可以了。

细心的朋友可能注意到,RA STARSolo 不需要 10X 下机的 I1(Illumina通道信息)文件。

输出结果

流程会输出 9 个文件,其中个类似于CellRanger的输出文件:

  • • ,基因列表
  • • ,条码列表
  • • ,定量矩阵

其他文件是:

  • • log 文件,记录RA STARSolo 运行过程中产生的日志
  • • bam 文件,是Reads比对到参考基因组上的比对文件
  • • summaries 文件,比对情况的摘要文件
  • • 基因的表达量矩阵,每个基因的reads数进行合并后的结果文件,可用于 MultiQC 汇总
  • • MultiQC 使用的原始数据
  • • MultiQC 汇总的网页
注意事项

本流程专用于10X基因组学的 v 版本下机数据。目前支持输入一个Barcode文件,一个cDA文件。暂时还不支持多Lane的情况。如果下机数据有多条 Lane,可以直接使用 RA STARsolo 工具进行分析:

> 工具 > RA STARSolo

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自。原始发表:2025-01-07,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent 删除日志数据数据处理服务器工具

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相关标签:无
上传时间: 2025-07-22 21:28:52
留言与评论(共有 16 条评论)
本站网友 ant下载
20分钟前 发表
点击“运行流程”就可以了
本站网友 两江春城
0秒前 发表
细心的朋友可能注意到
本站网友 罗汉果泡水
25分钟前 发表
流程简介流程地址: > 流程 > scRA-seq_preprocessing_10X_v_Bundle (release v0.1)本流程使用 RA STARSolo 分析 10X 基因组学的 v 化学版本数据
本站网友 青岛店铺出租
27分钟前 发表
比对情况的摘要文件• 基因的表达量矩阵
本站网友 成都本地论坛
7分钟前 发表
原始发表:2025-01-07
本站网友 中小企业私募债
8分钟前 发表
这也是一键分析的含义
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10分钟前 发表
也可以是自己上传的)• GTF文件(可以自行上传
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15分钟前 发表
否则设置为“否”)• 预期数据数(一个整数
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2分钟前 发表
原始发表:2025-01-07
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21分钟前 发表
Read中不含 poly-T 时
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15分钟前 发表
RA STARSolo 不需要 10X 下机的 I1(Illumina通道信息)文件
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21分钟前 发表
条码列表•
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11分钟前 发表
v版本的是:)• Barcode长度是否与Read长度相等(通常情况下
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24分钟前 发表
条码列表•
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20分钟前 发表
只需要设置:• 参考基因组(可以是服务器内置的