一键分析10X单细胞数据
一键分析10X单细胞数据
今天我们来介绍一种更为简单的方法:一键处理 10X 下机数据。流程简介流程地址: > 流程 > scRA-seq_preprocessing_10X_v_Bundle (release v0.1)本流程使用 RA STARSolo 分析 10X 基因组学的 v 化学版本数据。从Fastq文件得到与 CellRanger 类似的个输出文件:barcod
一键分析10X单细胞数据
今天我们来介绍一种更为简单的方法:一键处理 10X 下机数据。
流程地址: > 流程 > scRA-seq_preprocessing_10X_v_Bundle (release v0.1)
本流程使用 RA STARSolo 分析 10X 基因组学的 v 化学版本数据。从Fastq文件得到与 CellRanger 类似的个输出文件:, 以及 。
点击小眼睛图标,即可预览流程。可以看到,该流程主要调用 RA STARSolo 进行数据处理,最后将 log文件和 gene counts 文件交给 MultiQC 进行汇总。
运行流程非常简单,这也是一键分析的含义。只需要设置:
- • 参考基因组(可以是服务器内置的,也可以是自己上传的)
- • GTF文件(可以自行上传,或使用平台提供的)
- • Barcode文件(来自于10X下机数据)
- • cDA文件(来自于10X下机数据)
- • Barcode白名单(来自于10X,v版本的是:)
- • Barcode长度是否与Read长度相等(通常情况下,Read中不含 poly-T 时,设置为“是”,否则设置为“否”)
- • 预期数据数(一个整数,表示预期样本中有多少个细胞)
设置完毕,点击“运行流程”就可以了。
细心的朋友可能注意到,RA STARSolo 不需要 10X 下机的 I1(Illumina通道信息)
文件。
流程会输出 9 个文件,其中个类似于CellRanger的输出文件:
- • ,基因列表
- • ,条码列表
- • ,定量矩阵
其他文件是:
- • log 文件,记录RA STARSolo 运行过程中产生的日志
- • bam 文件,是Reads比对到参考基因组上的比对文件
- • summaries 文件,比对情况的摘要文件
- • 基因的表达量矩阵,每个基因的reads数进行合并后的结果文件,可用于 MultiQC 汇总
- • MultiQC 使用的原始数据
- • MultiQC 汇总的网页
本流程专用于10X基因组学的 v 版本下机数据。目前支持输入一个Barcode文件,一个cDA文件。暂时还不支持多Lane的情况。如果下机数据有多条 Lane,可以直接使用 RA STARsolo 工具进行分析:
本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自。原始发表:2025-01-07,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent 删除日志数据数据处理服务器工具> 工具 > RA STARSolo
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上传时间: 2025-07-22 21:28:52
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留言与评论(共有 16 条评论) |
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点击“运行流程”就可以了 | |
本站网友 两江春城 | 0秒前 发表 |
细心的朋友可能注意到 | |
本站网友 罗汉果泡水 | 25分钟前 发表 |
流程简介流程地址: > 流程 > scRA-seq_preprocessing_10X_v_Bundle (release v0.1)本流程使用 RA STARSolo 分析 10X 基因组学的 v 化学版本数据 | |
本站网友 青岛店铺出租 | 27分钟前 发表 |
比对情况的摘要文件• 基因的表达量矩阵 | |
本站网友 成都本地论坛 | 7分钟前 发表 |
原始发表:2025-01-07 | |
本站网友 中小企业私募债 | 8分钟前 发表 |
这也是一键分析的含义 | |
本站网友 体感温度 | 10分钟前 发表 |
也可以是自己上传的)• GTF文件(可以自行上传 | |
本站网友 非淋菌性尿道炎 | 15分钟前 发表 |
否则设置为“否”)• 预期数据数(一个整数 | |
本站网友 蟹岛绿色生态度假村 | 2分钟前 发表 |
原始发表:2025-01-07 | |
本站网友 光子嫩肤多少钱 | 21分钟前 发表 |
Read中不含 poly-T 时 | |
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RA STARSolo 不需要 10X 下机的 I1(Illumina通道信息)文件 | |
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v版本的是:)• Barcode长度是否与Read长度相等(通常情况下 | |
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本站网友 调控政策 | 20分钟前 发表 |
只需要设置:• 参考基因组(可以是服务器内置的 |