Kleborate：肺炎克雷伯菌基因分析专属工具

Kleborate：肺炎克雷伯菌基因分析专属工具

WGS在病原溯源和AMR研究中展现出显著的优势，因此越来越受到科研及公共卫生领域的广泛关注与应用。而肺炎克雷伯菌因其遗传的多样性和复杂的种结构对基因组数据分析和机制解释提出了挑战。昨天我们介绍了一款细菌耐药基因和毒力基因分析的通用工具ABRicate，今天给大家再介绍一款专用于肺炎克雷伯菌基因分析的软件——Kleborate。

Kleborate是一个专门为克雷伯菌（Klebsiella pneumoniae）及其相关物种复合设计的基因分型工具。它能够从基因组组装中直接整合检测和基因分型关键的毒力和抗性基因位点，同时还包括物种（菌种鉴定）、谱系（MLST分型）和K/O抗原血清型预测（血清分型）。这个工具的开发，极大地方便了我们对克雷伯菌的基因组监测和流行病学研究。

1、全面的基因组特征分析

• • 物种和亚种鉴定：Kleborate能够通过计算输入基因组与参考基因组之间的Mash距离，快速鉴定克雷伯菌的物种和亚种。
• • 耐药基因分析：帮助研究人员了解菌株是否携带耐药基因，明确耐药基因，为临床用药和科学研究提供指导。对于已知KpSC物种固有的SHV、LE或OKP等β内酰胺酶等位基因，Kleborate进行了特别报告。
• • 毒力基因分析：揭示菌株的毒力特性，有助于评估其潜在致病性。
• • MLST分型：基于多位点序列分型技术，对菌株进行精确分型，帮助我们了解菌株的遗传关系。
• • 血清分型：通过K/O抗原血清型预测，为菌株的流行病学研究提供支持。

2、易于解释的结果输出

Kleborate以易于解释的格式提供数据，并与潜在临床风险相对应的数字和分类评分。虽然它仅报告基因型，无法直接预测临床抗生素耐药或毒力表型，但其提供的丰富数据便于对种结构、AMR和毒力流行情况进行深入研究。

、针对特定菌种的优势

Kleborate的一个关键优势是针对特定菌种，它专注于KpSC中存在临床表型相关的基因组特征，这对于准确解读来自WGS的AMR和毒力基因筛查尤为重要。它避免了使用通用数据库和工具可能导致的混淆。

4、组装质量评估

Kleborate提供了组装质量指标，帮助用户评估基因型分析结果的可靠性。这些指标包括contig数量、contig 50、最大contig、基因组大小和不明确碱基数(如“”)。如果检测到不明确碱基、组装基因组大小超出预期范围或50低于10000 bp，则标记为低质量警告。

5、广泛的应用

Kleborate已被广泛采用，许多研究使用了Kleborate软件包，包括在南亚、东南亚、加勒比海和美国进行的较大规模基因组监测研究。还可以使用其基于Mash距离的J树识别耐药-毒力融合基因组的独特子树来进行耐药-毒力融合基因组分析。此外，Kleborate还可以应用于肠道宏基因组中肺炎克雷伯菌的检测和分型。

Kleborate作为一款克雷伯菌研究的必备工具，其功能全面且实用。而通过Galaxy生信云平台（usegalaxy），你可以在无需本地安装任何软件的情况下，轻松快捷地进行肺炎克雷伯菌的基因组注释和数据分析。