ABRicate：轻松快速帮你完成细菌耐药基因及毒力基因鉴定

ABRicate：轻松快速帮你完成细菌耐药基因及毒力基因鉴定

细菌的耐药基因和毒力基因是两种不同的基因类型，分别与细菌的抗药性和致病性相关。在微生物SCI论文中，分析微生物的耐药和毒力基因是不可或缺的，我们可以根据相应数据作出基因表达热图，来观察微生物耐药和毒力变化的趋势。怎样才能到毒力基因以及耐药基因呢？之前我们介绍了AMRFinderPlus，今天介绍另外一款常用工具-ABRicate。

ABRicate是由tseemann开发的一款非常方便的工具，主要用于扫描细菌基因组fasta数据，识别其中的毒力基因和耐药基因。它的优点在于整合了多个功能基因数据库，让你无需额外下载和构建数据库，就能进行全面的基因组分析。

1. 多数据库支持

ABRicate内置了多个耐药基因数据库，包括但不限于：

• • CBI：基于CBI的耐药数据库 -CARD：基于加拿大CARD耐药数据库
• • VFDB：基于vfdb毒力基因数据库
• • ARG-AOT：基于argannot耐药数据库
• • Plasmidfinder：用于质粒扫描
• • Ecoli_VF：基于大肠杆菌毒力基因
• • MEGARES：基于megares耐药数据库
• • resfinder：基于resfinder耐药数据库
• • EcOH：用于大肠杆菌O/H抗原分析

2. 检测获得性耐药基因

ABRicate只能检测获得性耐药基因，不检测点突变。这对于研究细菌的耐药性传播尤为重要.

. 基因组拼接后的耐药基因筛选

ABRicate只支持已经完成基因组拼接的contigs，不支持FASTQ读取。这意味着它主要用于基因组组装后的抗微生物耐药基因筛查。

4. 高效快速

ABRicate基于BLAST+工具，能够快速比对和识别耐药基因，适用于大规模基因组数据的耐药基因筛选。

5. 灵活的输入输出

它支持多种序列文件格式，包括Genbank、EMBL等，并且兼容gzip或bzip2压缩格式，输出结果为易于解析的TSV格式。

6. 输出结果详细

ABRicate 的输出结果非常详细，包括文件名来源、序列、起始坐标、结束坐标、方向、基因名称、覆盖度、覆盖度映射、间隙、覆盖的基因比例、精确核苷酸匹配的比例、参考数据库、序列的基因组来源、基因产物（如果有）以及假定的抗生素耐药表型等信息。

7. 自定义数据库

用户可以根据自己的需求，创建和使用自定义的耐药基因数据库，灵活性高。

ABRicate在微生物耐药性和毒力基因分析领域具有独特的优势，整合了多个数据库，支持灵活的输入输出格式，易于安装和使用。在Galaxy生信云平台（usggalaxy）上，ABRicate的使用非常简单，你只需上传你的fasta文件，选择合适的数据库进行分析即可。此外，由于Galaxy平台的集成性，ABRicate可以与其他工具无缝对接，形成完整的分析流程。