这款10年前发表在生信顶刊上的系统进化树构建软件，还能用吗？

这款10年前发表在生信顶刊上的系统进化树构建软件，还能用吗？

我们前面的文章介绍了生物信息学的终极目标是研究生物进化。因为进化是生命永恒的主题，生命中太多问题都跟进化有关，诸如生、老、病、死，无不蕴含着进化的力量。

今天，咱们再来学习一款10年前发表在当年生信顶刊 Bioinformatics 上的系统进化树构建工具：RAxML，以加深我们对这一主题的理解。

RAxML（Randomized Axelerated Maximum Likelihood）是一款广泛应用于分子系统学领域的经典软件，用于进化树（系统发育树）。它基于最大似然法，能够高效地处理超大规模的基因组数据（包括上千至上万个物种，几百至上万个已经比对好的碱基序列），建立有根树，并支持多种模型和混合模型，非常适合于研究生物进化关系。更厉害的是，RAxML是目前为数不多支持ML法多基因联合建树的软件，功能非常完备。

高性能计算

RAxML的一个显著特点是它的高性能计算能力，通过优化算法和并行计算，能够在短时间内处理大量数据，非常适合处理大型基因组数据集。

模型支持

RAxML支持多种进化模型，包括GTR+GAMMA、GTR+F+GAMMA等，这些模型可以更好地模拟真实数据中的变异情况。

参数丰富

RAxML提供了丰富的参数设置，用户可以根据自己的需求调整参数，以获得最佳的分析结果。例如，用户可以指定核苷酸或氨基酸替代模型、设置随机种子、指定bootstrap的次数等。

结果输出

RAxML生成的结果文件包括bootstrapped trees、最佳得分ML树以及有bootstrap分值支持的最佳得分树等，这些结果文件为后续的分析提供了丰富的信息。

系统发育分析

RAxML是最大似然法（ML法）建树的经典软件，适用于有根树的构建，并支持服务器上的多线程运行。它被广泛用于系统发育分析

农业土壤DA分析

RAxML在农业土壤DA分析中表现出，能够快速将大量DA片段与参考生物集合关联起来。

祖先序列重建

RAxML也被用于祖先序列重建技术，通过这种方法可以复活古老的酶类蛋白质，从而更好地理解生物进化过程。

总的来说，RAxML是一款功能强大、高效易用的建树工具，对于生物或医学相关专业的同学来说非常实用。无论你是在进行物种间的系统发育关系研究，还是分析基因家族的演化历程，RAxML都能为你提供有力的支持。如果你觉得在本地安装和配置RAxML太麻烦，可以在Galaxy生信云平台上（usegalaxy）运行RAxML来构建系统发育树。