R包安装与使用的常见问题和解决方法速查

R包安装与使用的常见问题和解决方法速查

首先请设置R返回的报错与提示语言为英文，：

代码语言：javascript代码运行次数：0运行复制

Sys.setenv(LAGUAGE = "en")

为什么要设置？见：为什么你的R语言不能默认显示英文呢

0.没有关键词的提示信息

例如：

检查是否有error，没有就忽略

1.缺包

关键词是there is no package called，例如： Error in library(Seurat) : there is no package called ‘Seurat’ 解决办法是缺啥补啥，安装报错的这个包

2.忘记加载包

关键词是 could not find function，例如： Error in Read10X("01_data/") : could not find function "Read10X"

.package not avaliable

例如：

代码语言：javascript代码运行次数：0运行复制

> install.packages("idmap1")
Installing package into ‘C:/Users/win10/AppData/Local/R/win-library/4.’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
  package ‘idmap1’ is not available for this version of R

A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
see the ideas at
.html#Installing-packages

这个包不出自cran，所以不能用install.packages安装。 这个问题虽然是warning，但紧接着library就会报错，也就是安装失败,因此需要解决。

原因1：包名写错 原因2：安装命令使用错误，企图用install.packages安ioconductor 的包 原因：本机的R语言版本与包所要求的版本不符（极少）

例如matrix：R语言4.该考虑更新了，或者也可以…

原因4：包被淘汰了

例如：装R包，被网络给制住了？

4.R语言版本

问题中提到了R version，下面这个提示信息里也有，虽然被提到了，但R语言版本并没有问题，无需解决

代码语言：javascript代码运行次数：0运行复制

> library(devtools)
Loading required package: usethis
Warning message:
package ‘usethis’ was built under R version 4.. 

5.是否更新

代码语言：javascript代码运行次数：0运行复制

> BiocManager::install("limma")
'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard
repositories, see 'help("repositories", package =
"BiocManager")' for details.
Replacement repositories:
    CRA: /
Bioconductor version .18 (BiocManager 1.0.2), R 4..2
  (202-10-1 ucrt)
Installing package(s) 'limma'
trying URL '.18/bioc/bin/windows/contrib/4./limma_.58.1.zip'
Content type 'application/zip' length 068016 bytes (2.9 MB)
downloaded 2.9 MB

package ‘limma’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
    C:\Users\win10\AppData\Local\Temp\RtmpqAIbRB\downloaded_packages
Installation paths not writeable, unable to update packages
  path: C:/Program Files/R/R-4..2/library
  packages:
    KernSmooth, lattice
Old packages: 'backports', 'biglm', 'cli', 'correlation',
  'datawizard', 'DBI', 'digest', 'downlit', 'dqrng',
  'Dynom', 'evaluate', 'geepack', 'genekitr', 'ggfun',
  'ggsci', 'glue', 'googleAuthR', 'hardhat', 'highr',
  'Hmisc', 'HPO.db', 'insight', 'jmv', 'jstable', 'knitr',
  'lavaan', 'leaps', 'markdown', 'mc2d', 'mvtnorm', 'nlme',
  'paradox', 'performance', 'prediction', 'quantreg',
  'rapiclient', 'RcppArmadillo', 'reticulate', 'rio',
  'rlang', 'rms', 'RSQLite', 'scatterpie', 'SparseM',
  'spData', 'spdep', 'survival', 'textshaping', 'tinyarray',
  'vctrs', 'vegan', 'xfun', 'xts'
Update all/some/none? [a/s/n]: 
n

推荐选n，紧接着library(limma)会发现没有报错，就是安装成功了。 如果选n，紧接着library(limma)会发现报错，就是安装失败了，只能再次运行上面的安装代码BiocManager::install("limma")，再次提问时选a。

6.包的版本旧了

关键词是is already loaded或者是is not exported by

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library(EBImage)
Error in loadamespace(i,c(ib.1oc，.libPaths()),versioncheck =v[[i]]):
namespace 'htmltools'0.5.7 is already loaded, but >= 0.5.8 is required

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install.packages("celldex_1.14.gz",repos = ULL)
Error: object 'altReadObject' is not exported by 'namespace:alabaster.base'
Execution halted

解决办法是安装报错的包，如果没啥特殊情况(例如报错的包实际上已经被移除)，直接安装就会给你装最新版本。 第一步，取消加载：

第二步：重启 正上方菜单栏-session-restart R

第三步 ：装包，根据包来自哪个网站(很容易搜到)，决定使用install.packages或者是BiocManager::install

7.网络问题

关键词是 connection,internet,url、404、http,download 可能的原因和解决办法

注意：用opti代码完成镜像设置，在你的Rstudio窗口关闭再重新打开后就需要重新设置，不是永久的。设没设置镜像可以看安装时提示的网址。例如：

8.权限问题

关键词是 not writable和 Permission denied 只有windows会遇到。解决办法是管理员方式重新打开Rstudio,重新运行代码

或者是设置R语言和Rstudio的权限，略复杂，要看视频了 /

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划，分享自。原始发表：2024-07-08，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent 删除package镜像权限网络网站